Frithjof Schuon nasceu na Basiléia, Suíça, em 18 de junho de 1907. Seu pai, violinista clássico e professor no Conservatório Musical da Basiléia, era oriundo do sul da Alemanha, enquanto sua mãe vinha de uma família alsaciana de tronco alemão. Até os treze anos, Schuon viveu na Basiléia e ali freqüentou a escola, mas a morte prematura do pai obrigou sua mãe, por motivo de economia, a retornar com seus dois filhos jovens para sua família em Mulhouse; e foi assim que Schuon recebeu uma educação em língua francesa em adição à educação alemã que vinha tendo.
Aos dezesseis anos, Schuon deixou a escola para se sustentar por si mesmo como designer têxtil — um trabalho que exigia muito pouco do notável talento artístico que ele tivera até então pouca oportunidade de desenvolver. Quando criança, ele já se distraíra muito fazendo desenhos e pinturas, mas nunca recebera nenhum treinamento formal nas artes.
Schuon começou bem cedo sua busca da verdade metafísica, e sua sede de compreensão levou-o a ler não apenas todos os filósofos europeus clássicos e modernos, mas também as doutrinas sagradas do Oriente, especialmente as do hinduísmo, do budismo e do islamismo. Na filosofia ocidental, foram acima de tudo Platão e Eckhart que despertaram um eco em seu pensamento. Entre os escritos orientais, o Bhagavad-Gîtâ era sua leitura favorita.
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Paralelamente a seu interesse pela filosofia, havia seu amor pela arte tradicional; neste caso, a pintura e a escultura do Japão tinham uma lugar de destaque em sua estima. Schuon sentiu-se desde menino fascinado por tudo o que é sagrado, e seu primeiro encontro com uma representação do Buddha lhe causou profunda impressão. Aconteceu no Museu Etnológico da Basiléia, onde ele descobriu o Iluminado sob a forma de uma magnífica estátua de madeira dourada de Yakushi, com estátuas dos bodhisattvas Seishi e Kwannon sentadas de cada lado em seus tronos de lótus.
No período de Mulhouse, Schuon entrou em contato com os escritos de René Guénon, que serviram para confirmar sua própria rejeição intelectual da civilização moderna, ao mesmo tempo em que ajudavam a focalizar melhor seu entendimento espontâneo dos princípios metafísicos e de suas aplicações tradicionais.
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Em 1932 e novamente em 1935, Schuon passou vários meses na Argélia, e após sua segunda estada neste país aproveitou para também visitar o Marrocos — na época desse seu primeiro contato com o Norte da África islâmico, o modo de vida tradicional ainda era em grande parte uma realidade viva. Em 1938, visitou o Cairo a fim de encontrar Guénon, com quem vinha se correspondendo havia seis anos. Visitou Guénon novamente um anos depois, quando passou pelo Egito a caminho da India, país com cujo clima contemplativo ele tinha sempre sentido uma forte afinidade. A Segunda Grande Guerra, contudo, irrompeu naquele momento, obrigando-o a retornar para a Europa mal tinha passado alguns dias em Bombay. Nos meses seguintes Schuon esteve engajado como soldado do exército francês. Capturado pelos alemães, foi-lhe dada certa liberdade em virtude de sua ascendência alsaciana, mas, quando tudo indicava que os nazistas obrigariam os alsacianos a tomar parte no exército alemão, Schuon aproveitou uma oportunidade para escapar para a Suíça. Neste país, após curto período de detenção, conseguiu obter asilo; alguns anos depois, obteve a nacionalidade suíça.
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Após vários anos pintando imagens de índios, Schuon finalmente encontrou e fez amizade com alguns deles — membros da tribo crow — em Paris, so inverno de 1953. Eles tinham ido à Europa para apresentações num grupo patrocinado por Reginald Laubin e sua esposa, célebres apresentadores e preservadores das danças tradicionais dos índios norte-americanos. Depois de Paris, alguns membros do grupo foram a Lausanne para visitar os Schuons — entre eles Thomas Yellowtail, que viria a se tornar um importante medicine man e líder da religião da Dança do Sol. Cinco anos depois, os Schuons foram a Bruxelas a fim de encontrar índios sioux que tinham viajado àquela capital para apresentações na Feira Mundial.
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Em 1963, os Schuons visitaram as tribos das pradarias pela segunda vez, passando o verão entre seus amigos índios e novamente presenciando uma Dança do Sol em Fort Hall. Durante esta viagem, Schuon teve oportunidade de visitar o túmulo de Black Elk (Alce Negro) em Manderson, South Dakota, e de rever Benjamin, filho do venerável medicine man.
Na primavera de 1965, Schuon fez uma série de viagens regulares ao Marrocos. Na primavera de 1968, visitou na Turquia Istambul, Bursa e Kusadasi — esta última a fim de ir à Casa da Santíssima Virgem, numa região montanhosa perto de Éfeso.
Em 1981, os Schuon emigraram para os Estados Unidos, estabelecendo-se no estado de Indiana. Ali, numa casa de madeira num condomínio situado em meio a uma floresta, Schuon viveu 17 anos, vindo a falecer em 5 de maio de 1998.